En 2001 une polémique éclate a propos de son livre Le Grand Bazar (Belfond, 1975 ), où il racontait ses activités d’aide-éducateur au jardin d’enfants autogéré en Allemagne. Il déclare à ce propos : « Il m’était arrivé plusieurs fois que certains gosses ouvrent ma braguette et commencent à me chatouiller. Je réagissais de manière différente selon les circonstances, mais leur désir me posait un problème. Je leur demandais : “Pourquoi ne jouez-vous pas ensemble, pourquoi m’avez-vous choisi, moi, et pas d'autres gosses ?” Mais s’ils insistaient, je les caressais quand même ». Et ailleurs : « J’avais besoin d’être inconditionnellement accepté par eux. Je voulais que les gosses aient envie de moi, et je faisais tout pour qu’ils dépendent de moi. »

Ces passages ont été assimilés, 25 ans plus tard, comme un acte de pédophilie. Cohn-Bendit se défend, expliquant que le texte était une provocation, n’avait pas fait scandale à l’époque et qu’aucune plainte d’enfant ou de parent n’avait été déposée. « Prétendre que j’étais pédophile est une insanité. La pédophilie est un crime. L’abus sexuel est quelque chose contre lequel il faut se battre. Il n’y a eu de ma part aucun acte de pédophilie. » Il ajoute sur RTL, « ce texte qui n'avait pas fait scandale à l'époque est aujourd'hui insoutenable ». Des parents de ces « crèches alternatives » ont d’ailleurs apporté leur soutien au leader écologiste : « Nous savons qu’il n’a jamais porté atteinte à nos enfants », écrivent-ils. Les enfants eux-mêmes rejettent dans cette lettre « toute tentative de rapprochement entre Daniel Cohn-Bendit et des personnes coupables d’abus sexuels sur enfants ».